Lệnh 66 là lệnh khét tiếng nhất được đưa ra trong Chiến tranh giữa các vì sao lịch sử, báo hiệu sự kết thúc của Cộng hòa Ngân hà và bắt đầu sự sụp đổ gần như sụp đổ của Lệnh Jedi. Trong khi những người lính Nhân bản buộc phải tuân theo Mệnh lệnh 66 do các phi thuyền sinh học được cấy vào họ trong canon, thì Karen Traviss ' Huyền thoại loạt Cộng hòa Commando vẽ một bức chân dung tối hơn nhiều về việc thực hiện nó.
Các Cộng hòa Commando loạt mô tả Mệnh lệnh 66 như một mệnh lệnh mà tất cả các binh sĩ Người sao chép đều được dạy, thay vì lệnh mà họ buộc phải tuân theo. Thoạt nhìn, Order có vẻ hoàn toàn hợp lý, vì ban đầu nó được Sifo-Dyas tạo ra như một cách để hạ gục tên Jedi bất hảo, kẻ chống lại phe Cộng hòa. Lệnh này cũng cao hơn Lệnh 65, nhằm hạ bệ Thủ tướng Tối cao nếu một vấn đề tương tự phát sinh.
Trong Republic Commando: True Colors, Mệnh lệnh 66 được mô tả như sau: 'Trong trường hợp các sĩ quan Jedi hành động chống lại lợi ích của Cộng hòa, và sau khi nhận được mệnh lệnh cụ thể được xác minh là đến trực tiếp từ Chỉ huy Tối cao (Thủ tướng), các chỉ huy GAR sẽ loại bỏ những sĩ quan đó bằng vũ lực sát thương, và quyền chỉ huy của GAR sẽ hoàn nguyên về Tư lệnh tối cao (Thủ tướng) cho đến khi một cơ cấu chỉ huy mới được thiết lập. '
Traviss mô tả thực tế tàn khốc của Cuộc chiến tranh nhân bản, cuộc chiến tạo ra rất nhiều căng thẳng giữa Quân nhân bản và các chỉ huy Jedi của họ. Về cơ bản được nuôi dưỡng như những người lính-nô lệ cho Cộng hòa, cuộc sống của một quân nhân Nhân bản về cơ bản tương đương với cuộc sống của một droid. Quá trình lão hóa nhanh chóng của họ đảm bảo rằng những người lính Nhân bản sẽ không bao giờ đạt được một cuộc sống viên mãn ngoài trận chiến, mặc dù những người Nhân bản giống hệt con người và có khả năng sinh sản. Nhân bản cũng có khả năng có đầy đủ các cảm xúc của con người, điều này tạo ra sự xáo trộn nội tâm liên quan đến sự tồn tại ngắn ngủi của họ.
Nhiều binh lính Nhân bản cũng trở nên mệt mỏi khi chiến tranh kéo dài, vì họ buộc phải chứng kiến những người anh em của mình gục ngã trong trận chiến. Republic Commando: Lệnh 66 chi tiết về sự thất vọng bên trong của Delta Squad Commando Scorch đối với sự mất mạng này, khi anh ta nghe thấy tên của hàng ngàn binh lính Người sao đã ngã xuống. 'Scorch giờ không thể kể tên một nửa đội trong đợt của mình tại trung tâm huấn luyện Tipoca, chứ đừng nói đến những người đàn ông trong đó. Anh ấy cảm thấy xấu hổ, như thể anh ấy đã phản bội họ, 'đoạn văn viết. Khi chiến tranh kéo dài, nhiều binh lính Người sao chép bắt đầu phẫn nộ với Jedi vì những thương vong này, thậm chí còn cho rằng năng lực của họ bị nghi ngờ.
Thái độ của Jedi đối với những người lính Nhân bản cũng không tốt hơn chút nào, vì họ chỉ coi chúng là đồ dùng một lần. Họ đặc biệt thờ ơ với biệt kích Clone, những người mà họ coi là những kẻ săn tiền thưởng được nhà nước công nhận cho Cộng hòa. Bất chấp sự thờ ơ của họ đối với những biệt đội này, Jedi hiểu sự cần thiết của họ trong cuộc chiến. 'Đó là vấn đề với việc những người nhân bản thông minh được huấn luyện bởi một đám côn đồ vô kỷ luật - chúng trở nên tốt nhất là theo phong cách riêng, tệ nhất là bất tuân. Nhưng họ có thể sẽ giành chiến thắng trong cuộc chiến cho chúng ta. Hãy khoan dung với họ, 'Jedi Master kiêm Giám đốc Lực lượng Đặc biệt, Tướng Arligan Zey giải thích trong Republic Commando: Triple Zero .
Do sự không hài lòng được chia sẻ này, không khó để nhiều binh lính Nhân bản quay súng về các chỉ huy cũ của họ, nhưng một số ngoại lệ đáng chú ý vẫn còn. Đội Ion, do Đội trưởng Climber chỉ huy, không chỉ không tuân theo mệnh lệnh, họ còn quay súng chống lại lực lượng của Chỉ huy Salvo, những người đang cố gắng phục kích một nhóm Jedi. Các phi đội Clone khác, chẳng hạn như Omega Squad, Delta Squad và Ordo Skirata, cũng không tuân theo mệnh lệnh, nhưng giả vờ tuân thủ để tránh sự nghi ngờ từ Đế quốc. Trong khi các Nhân bản trong phi đội sau này có mối quan hệ không mấy tốt đẹp với Jedi, thì họ lại nghi ngờ nhiều hơn về việc Palpatine đã tiết lộ những nhân bản Centax mới có tuổi đời bình thường.
Trong khi canon loại bỏ các Bản sao về tội lỗi của họ trong việc thực hiện Lệnh 66, Huyền thoại đối mặt với sự phản bội của họ. Hình ảnh mô tả sắc thái này của Order 66 đậm hơn canon, nhưng Cộng hòa Commando cung cấp chiều sâu cho việc thực hiện nó bằng cách nhân bản hóa thủ phạm Nhân bản của nó và sự đau khổ của họ.
