Ittoki Sakuraba nghĩ rằng anh ấy chỉ là một học sinh trung học bình thường ở Shinobi no Ittoki Tập 1, 'A Bolt from the Blue.' Anh có một nhóm bạn quen thuộc của mình - bao gồm một người bạn thân thời thơ ấu khác thường tên là Kousetsu - và một bạn nữ tên là Satomi Tsubaki đang phải lòng anh. Sau khi được Satomi ngỏ lời cầu hôn, Ittoki đến nhà cô gái theo ý muốn của mẹ mình, chỉ mong một buổi hẹn hò bình thường. Tuy nhiên, sau khi từ chối những tiến bộ về tình dục của Satomi, Ittoki nhanh chóng biết rằng cô không phải là bạn học điển hình. Trên thực tế, cô ấy là một ninja ai được thuê để giết anh ta .
Không biết hoặc không hiểu lý do cho nỗ lực trên mạng sống của mình, Ittoki đã chạy cho nó, chỉ để bị phục kích bởi nhiều ninja hơn ai muốn anh ta chết . May mắn thay cho Ittoki, Kousetsu và chú Tokisada của anh đã xuất hiện kịp thời để cứu mạng anh, nhưng không phải trước khi người sau tiết lộ bản thân anh là một ninja. Khi Tokisada đưa Ittoki đến một địa điểm bí mật, lần đầu tiên anh biết được rằng mình là người kế vị cha mình với tư cách là thủ lĩnh của Gia tộc Iga Shinobi. Kể từ sau cái chết không đúng lúc của cha anh, mẹ anh là Yumika đã phục vụ với tư cách là thủ lĩnh của gia tộc mặc dù bản thân không phải là một ninja.
Di sản gia đình của Ittoki Sakuraba đặt mục tiêu sau lưng

Sau phần giới thiệu đầy hành động, vụng về đó về Ittoki Sakuraba trong Tập 1, Shinobi no Ittoki giới thiệu cốt truyện chính của nó trong Tập 2, 'Những lựa chọn nhẫn tâm'. Khi anh ấy có một chút thời gian để tiêu hóa quả bom sự thật khổng lồ về việc anh ấy là người thừa kế của một gia tộc ninja hàng thế kỷ, Ittoki tìm hiểu thêm về nguồn gốc gia đình chết chóc của anh ấy . Trong trường hợp này, anh phát hiện ra rằng các ninja vẫn tiếp tục tồn tại ở Nhật Bản nhưng đã thích nghi với cuộc sống hiện đại. Điều này kéo theo việc thay đổi cách mà những người lính đánh thuê bí mật sống cuộc sống của họ mà không nhất thiết phải thay đổi cách họ hoạt động, điều này liên quan đến những gì đang xảy ra với cuộc sống của Ittoki ở hiện tại.
Không tìm hiểu tất cả các chi tiết cụ thể về sự cạnh tranh giữa hai gia tộc, Ittoki phát hiện ra rằng Gia tộc Iga Shinobi đã tham gia vào một cuộc chiến thầm lặng với Gia tộc Kouga Shinobi trong một thời gian. Sự cạnh tranh này cũng có liên quan đến cái chết của cha anh, xác nhận một cách hiệu quả rằng anh chưa bao giờ chết trong một vụ tai nạn như mẹ anh từng tin tưởng. Mặc dù không bao giờ được tiết lộ lý do tại sao cha của Ittoki bị sát hại, nhưng người ta biết rằng các thành viên của Gia tộc Kouga đang tìm cách trả thù cho cái chết của thủ lĩnh cũ của họ, Kishinmaru. Việc thủ lĩnh Kouga hiện tại đang nhắm vào Ittoki đặc biệt để ám sát ám chỉ rằng cha anh ta bằng cách nào đó có liên quan đến cái chết của Kishinmaru.
Ittoki Sakuraba đưa ra quyết định khó khăn về tương lai của mình

Bây giờ anh ta biết mình không còn an toàn để sống một cuộc sống bình thường, Ittoki buộc phải đưa ra một quyết định quan trọng về tương lai của anh ấy . Trên thực tế, anh ta có ba lựa chọn: đào tạo để trở thành một ninja và tiếp quản Iga Clan với tư cách là thủ lĩnh mới, bị giết bởi Kouga Clan hoặc đi trốn. Sự lựa chọn thứ hai sẽ để mẹ anh ta phụ trách gia tộc, có khả năng là đặt cuộc sống của cô ấy trên đường dây . Vì Ittoki không ổn khi để mẹ một mình dọn dẹp đống hỗn độn của cha mình, Ittoki đã không ngần ngại chọn trở thành một ninja và đảm nhận vị trí thủ lĩnh mới.
Khi Ittoki đã đưa ra quyết định của mình, anh ta biết được sự tồn tại của Học viện Ninja Kokuten, cũng được kiểm soát bởi Ủy ban Các biện pháp An ninh Ninjutsu Quốc gia, hoặc NSC. Mặc dù là một học viện thực sự, nhưng rất ít người ở Nhật Bản tin vào tính hợp pháp của sự tồn tại của ngôi trường, điều này giúp giữ cho nó được giấu kín ở một địa điểm bí mật. Tuy nhiên, để ghi danh vào trường, Ittoki cần phải vượt qua kỳ thi đầu vào nguy hiểm. Trong trường hợp này, bài kiểm tra là thực hành chứ không phải viết, và để hiệu trưởng trường đánh giá kỹ năng và tiềm năng của anh ta với tư cách là một ninja, anh ta cần phải xem anh ta phản ứng tốt như thế nào với một số tình huống nhất định.
Để kiểm tra kỹ năng của mình, Ittoki được đặt trong một môi trường công cộng - trong trường hợp này là siêu thị - và được đánh giá về mức độ anh ta có thể sử dụng tàng hình để thực hiện một nhiệm vụ mà không bị người ngoài chú ý. Không may cho Ittoki, kỳ thi của anh đã bị Satomi và các ninja Kouga Clan khác phá hoại khi họ phục kích anh bên trong cửa hàng. Điều này buộc Ittoki phải gây ra một cảnh công khai để buộc họ phải rút lui. Mặc dù Ittoki được thông báo rằng anh ta đã vượt qua kỳ thi mặc dù thất bại ở khả năng tàng hình, nhưng việc chấp nhận của anh ta vẫn rất đáng ngại. Không chỉ tiết lộ rằng kỳ thi đầu vào của anh ấy diễn ra trong một siêu thị do Kouga kiểm soát, mà nó còn ám chỉ mạnh mẽ rằng họ đã xâm nhập vào trường học và cả NSC, điều đó có nghĩa là tính mạng của Ittoki vẫn đang bị đe dọa.