Đôi khi phần ngoại truyện chỉ là phần tiếp theo hoặc phần tiền truyện trực tiếp đơn giản, và đôi khi chúng hơi lộn xộn hơn một chút. Các Phủ nhận trò chơi được sinh ra từ một loạt phim giả tưởng cổ điển có tên là Drakengard và để hiểu tất cả chúng kết nối với nhau như thế nào, bạn sẽ phải đi sâu vào một số truyền thuyết phức tạp nhưng thú vị.
Thông thường để hiểu một câu chuyện, người ta sẽ bắt đầu từ đầu, nhưng khi câu chuyện về trò chơi điện tử (đặc biệt là những câu chuyện do Square Enix thực hiện), đây thường không phải là cách tốt nhất để tiếp tục. Đầu tiên trong Drakengard về mặt kỹ thuật, loạt phim dẫn đến Nier, nhưng câu chuyện đó sẽ có ý nghĩa hơn với bối cảnh từ Drakengard 3 .
Drakengard 3 lấy bối cảnh trong và xung quanh bối cảnh giả tưởng của Thành phố Nhà thờ, với nhân vật chính mà người chơi điều khiển tên là Zero. Zero là một kẻ xâm nhập, một trong sáu người khác có thể điều khiển ma thuật thông qua bài hát. Nhiều năm trước, những kẻ xâm lược đã đánh bại nhiều lãnh chúa đang tàn phá vùng nông thôn và được người dân tôn kính như những vị thần. Zero phát hiện ra rằng nguồn sức mạnh của cô và em gái là một bông hoa ác quỷ và mục tiêu cuối cùng của nó là hủy diệt nhân loại, vì vậy cô đã lên kế hoạch giết chị em mình và ngăn chặn kế hoạch này thành hiện thực. Đến cuối Drakengard 3 cô ấy hoàn thành nhiệm vụ của mình và tiêu diệt tất cả những kẻ xâm nhập - bao gồm cả chính mình.
Tất nhiên, mọi thứ không bao giờ dễ dàng như vậy, và một trong những kẻ xâm nhập đã tạo ra một bản sao của chính cô ấy. Bản sao đó sẽ tồn tại và sinh ra những đứa con sẽ chia sẻ sức mạnh của những kẻ xâm nhập. Những đứa trẻ này sẽ tạo ra một giáo phái được gọi là The Watchers. Câu chuyện của Drakengard Các thế hệ sau bắt đầu khi một anh hùng tên là Caim chiến đấu chống lại The Watchers, người đã tìm ra cách để kết thúc thế giới, khi họ tìm kiếm mầm mống của sự hủy diệt. Những hạt giống này có thể được ghép lại với nhau để tạo ra một cánh cổng dẫn đến một không gian khác và triệu hồi một ác nhân để tiêu diệt loài người. Mỗi hạt giống được lưu trữ bên trong một trong những vương quốc khác nhau, và đế chế hùng mạnh của The Watchers đã chinh phục tất cả, trừ một; người mà Caim chiến đấu cho. Mặc dù Caim chiến đấu anh dũng với sự giúp đỡ của người bạn rồng của mình, The Watchers vẫn thu được tất cả các hạt giống và mở cánh cổng.
Drakengard có một vài kết thúc khác nhau, và người ta thấy một con quỷ khổng lồ đi qua cánh cổng. Caim sử dụng hạt giống để mở một cánh cổng khác và chiến đấu với sinh vật thông qua nó. Cả Caim và con rồng của anh ta đều bị mắc kẹt trong không gian mà họ cuối cùng đã tiêu diệt sinh vật vào: 2003 Tokyo. Chính quyền Tokyo coi Caim và con rồng là mối đe dọa và giết chúng bằng không quân. Cái chết của họ đã lan truyền bản chất ma thuật của họ trên khắp vùng đất, dẫn đến một căn bệnh quái ác cho những người sống ở đó, vì những sinh vật này từ chiều không gian khác không hòa hợp tốt với con người ở chiều không gian này. Căn bệnh này tiêu diệt hầu hết loài người và tạo nên câu chuyện cho Phủ nhận khi nhân vật chính chiến đấu để cứu mình và em gái khỏi thảm họa rơi ở vùng đất hậu tận thế này. Điều đó dẫn đến mục nhập gần đây nhất trong loạt bài, Nier: Automata , được thiết lập hàng nghìn năm sau Phủ nhận .
Mặc dù một kết thúc thay thế kết nối Drakengard và Phủ nhận , câu chuyện và nhân vật chính về cơ bản không liên quan gì đến nhau. Một số trò chơi là phụ bản, nhưng nhượng quyền thương mại này đã không thành công.
