Các Assassin's Creed nhượng quyền thương mại luôn kể câu chuyện của mình dưới góc nhìn của Assassin Order. Với trật tự Templar vô địch hòa bình thông qua việc loại bỏ ý chí tự do, nó luôn rõ ràng ai là người có quyền. Tuy nhiên, có một tiêu đề giới thiệu quan điểm của Lệnh Templar - và cách mà một chiếc áo khoác quay đầu gần như đã phá hủy Tổ chức Anh em Sát thủ Thuộc địa.
Assassin's Creed Rogue giới thiệu một sát thủ trẻ tên là Shay Patrick Cormac, người là thành viên của American Brotherhood ngay trước Chiến tranh Bảy năm. Anh và người bạn Liam O'Brien được giao nhiệm vụ săn lùng những đồ tạo tác mà Order tin rằng gắn liền với Pieces of Eden. Những thứ này tồn tại rất lâu trước khi ra đời của Tín ngưỡng và nắm giữ quyền lực lớn đến mức, nếu các Hiệp sĩ có quyền kiểm soát dù chỉ một trong số họ, họ có thể nô dịch toàn bộ nhân loại.
Cặp đôi đã có thể tìm thấy một hiện vật trong một ngôi đền cổ bên dưới Lisbon. Tuy nhiên, Shay lấy nó đã gây ra một trận động đất khiến hàng nghìn người thiệt mạng và mắc kẹt. Trải nghiệm này khiến anh tin rằng các Sát thủ không quan tâm đến những người vô tội, giờ đây coi họ là những người đối lập với những anh hùng mà anh nghĩ. Shay quay lưng lại với Order, đặt tính mạng của anh ta vào nguy hiểm khi các cộng sự săn lùng anh ta. Cuối cùng, anh ta đã tìm được đường đến Nghi lễ Thuộc địa của Lệnh Templar, và từ đó, anh ta đứng về phía kẻ thù đã thề của Assassin và thề sẽ không cho các cộng sự cũ của mình tìm thấy một ngôi đền khác.
Trong Chiến tranh Bảy năm, Shay đã săn lùng những cộng sự sát thủ cũ của mình với Grandmaster Templar, Haytham Kenway. Haytham là con trai của sát thủ cướp biển Edward Kenway, nhưng anh được lớn lên để đi theo các Hiệp sĩ. Trong những năm qua, Haytham và Shay đã có được chỗ đứng vững chắc trong các Thuộc địa và giành chiến thắng trong Cuộc chiến Bảy năm cho các Hiệp sĩ. Anh ta cũng loại bỏ một số thành viên mạnh nhất của Colonial Brotherhood.
Đỉnh cao của Assassin's Creed Rogue thấy Shay giết người bạn cũ của mình là Liam và Haytham, làm tê liệt thủ lĩnh của họ, Achilles Davenport. Trong bảy năm, các Assassin vô tổ chức và không có sự lãnh đạo khi Shay và các Hiệp sĩ kiểm soát các thuộc địa từ trong bóng tối. Sẽ không phải trong bảy năm nữa cho đến khi con trai của Haytham, Connor sẽ đến và tiếp tục nơi Achilles đã bỏ đi bằng cách loại bỏ mối đe dọa Templar ở Mỹ và hỗ trợ đất nước giành chiến thắng trước vương miện của Anh trong một trong những cuộc xung đột quan trọng nhất của lịch sử, Cách mạng Mỹ.
Cormac tiếp tục làm việc với Templar Order, săn lùng những đồ tạo tác cổ xưa có thể giúp họ có lợi thế chống lại các Assassin. Khi Connor tiếp tục giải phóng Thuộc địa, Shay đang ở Paris, được giao nhiệm vụ giết một Sát thủ nắm giữ một chiếc hộp thiêng có thể mở khóa những bí mật cổ xưa và tồn tại từ xa xưa như tên sát thủ người Trung Quốc Shao Jun. Sát thủ mà anh ta giết là cha của Arno Dorian, một sát thủ sẽ giúp giải phóng Paris trong Assassin's Creed Unity . Mặc dù Shay Cormac không tiêu diệt hoàn toàn American Brotherhood of Assassins, nhưng anh ta đã cho thấy họ có thể phá vỡ nhanh như thế nào khi một trong số họ đổi bên.
